Lunga e complessa si è rivelata, alla luce degli studi fatti, l'evoluzione storica del comune dì Saint-Pìerre. Già nel 3000 a.C. gruppi abitativi si erano stanziati sulla piccola collina di Châteler, dando vita a quello che da sempre gli studiosi hanno individuato come uno dei primi villaggi della Valle d'Aosta.
Notevole importanza, invece, fu sempre conferita nel corso degli anni alla strada di origine pre-romana detta Route des Salasses, che congiungeva il territorio di Gignod, e quindi tutta l'area sottostante il Gran San Bernardo, con quello dell' Alta Valle. Ancora oggi - come ricordono B. Garin e altri - sull'antìco tracciato esiste una strada panoramica, riadattata negli anni settanta del Novecento, che, attraversando la collina di Aosta e di Sarre, conduce alle frazioni di Homené, Verrogne e Méod per proseguire verso Avise.
Se il passaggio delle truppe romane, alla conquista di varchi che le conducessero rapidamente verso le Gallie, non incise nel territorio di Saini-Pierre una traccia particolarmente rilevante, diverso segno lasciò il Medioevo, le cui testimonianze sono ancora incontestabilmente visibili. La presenza di due castelli diventati il simbolo del paese sono l'inequivocabile memoria delle due nobili famiglie che governarono l'intera località lungo il corso del Medioevo: quella dei Sancto Petro e quella dei Sarriod De la Tour. Quest'ultima, come spiega Pia Borney, discendeva da Marc di Bard che, stabilitosi presso il villaggio di Sarriod, oggi frazione di Saint-Nicolas, ottenne dal conte Aimone di Savoia la parte bassa di Saint-Pierre, a ovest del borgo. In seguito i Sarriod videro la loro discendenza dividersi nei due rami dei Sarriod d'Introd e dei La Tour, che ereditarono il castello situato nelle vicinanze della Dora. Il loro potere si estendeva sulla comunità di Saint-Pierre La Tour, dotata di un sindaco e di una dal conte amministrazione indipendente, così come quella di Saint-Pierre di Châtel-Argent. La famiglia si estìnse definitivamente nel 1914.
Meno gloriose e più brevi furono le vicende della famiglia dei Sancto Petro, che apparteneva alla nobiltà locale e aveva la giurisdizione sulla parte superiore del borgo, quella denominala Saint-Pierre di Châtel-Argent a nord della strada principale, nel territorio dominato oggi dall'originale e imponente castello arroccato sulla chiesa. La rivalità nata all'interno della nobiltà locale costrinse il conte Aimone a circoscrivere l'area di domìnio dei Sancto Petro, affidandola in parte alla famiglia Gontard, estintasi poi alla fine del XV secolo. Ai Sancto Petro, colpiti dallo stesso destino, successero poi i Vuillet, i Roncas, i Bìandrate e infine i Carpeneto. L'ultimo grande signore di Saint-Pierre fu Emanuele Bollali.
Alla fine del XVIII secolo le due distinte amministrazioni si unirono in un unico comune separando definitivamente la loro sorte da quella delle nobili famiglie che, fino a quel momento, avevano imposto un regime fiscale insostenibile, nonostante il profondo Stato di indigenza nel quale versava l'intera popolazione. Fu per questa condizione di estrema povertà che molti componenti della comunità si videro costretti a emigrare soprattutto in Francia, inaugurando un processo che a fasi alterne si protrasse fino agli anni successivi alla caduta del regime fascista. Durante il periodo fascista il comune in questione e quello di Villeneuve furono accorpati in un'unica amministrazione recante la denominazione di Villanova Baltea; solo con la caduta del regime i due paesi riacquistarono la loro autonomia assumendo le attuali caratteristiche territoriali.